Die Evangelische Kirche in Österreich hat demokratische Strukturen in ihrer Organisation: Alle evangelischen und konfirmierten Gemeindeglieder ab 14 Jahren dürfen die Gemeindevertretung ihrer Pfarrgemeinde wählen. Die letzten Wahlen fanden im April 2018 statt. Eine Amtsperiode dauert sechs Jahre.
 
Die Gemeindevertretung entscheidet über grundlegende Fragen der Pfarrgemeinde wie die Anstellung von hauptamtlichen Mitarbeitern, größere Anschaffungen, Bauvorhaben und nimmt den Jahresbericht der Pfarrer und hauptamtlichen Mitarbeiter entgegen. Auch der finanzielle Jahresabschluss der Pfarrgemeinde und das Budget für das kommende Jahr werden von der Gemeindevertretung genehmigt und beschlossen. Die Gemeindevertretung tritt 1-2x jährlich zusammen, kann bei wichtigen Anlässen (Zulassung eines Pfarrers zur Wahl) auch öfter zusammentreten. Die Sitzungen der Gemeindevertetung sind öffentlich.

Aus den Reihen der Gemeindevertretung wird das Presbyterium gewählt, das ausführende Organ der Pfarrgemeinde, dass sich ein mal Monatlich trifft.

Die täglichen Geschäfte der Pfarrgemeinde werden von dazu berufenen Ausschüssen bzw. vom Amtsführenden Pfarrer Mag. David Zezula und dem Kurator Univ. Prof. Dr. Günter Lipold geführt.

Derzeit gibt es in der Pfarrgemeinde St. Pölten 49 gewählte und eine berufene Gemeindeverteterin. Sie werden für die Gesamtgemeinde gewählt, gehören aber jeweils zu einer der sieben Predigtstationen ("Sprengel"). Zusätzliche Mitglieder der Gemeindevertretung sind von Amts wegen der Amtsführende Pfarrer Mag. David Zezula und der Pfarrer der z.Z. noch unbesetzten 2. Pfarrstelle, sowie die Religionslehrerin DP Gabriele Justus. 

(Presbyter in Kursiv)

1. Reihe v.l.n.r.: Johannes Schnauder, Gretel König, Esther Nichols-Bardi, Renate Reuter, Gabriele Justus, David Zezula, Margit Lutz, Andrea Leitner, Florian Botschen, Astrid Ertl-Stöß.

2. Reihe v.l.n.r: Arndt Neukirchner, Majid Aghajani Rizi, Hugo Bichler, Patricia Luger, Birgit Fuhrmann, Marion Posch (a.D.), Gerlinde Goiser, Hedda Leitner, Ursula Gmeiner (karrenziert).

3. Reihe v.l.n.r.: Peter Jagl, Gottfried Dressler, Friedrich Gruber, Walter Blaumauer, Andrea Berger, Elisabeth Leitner,  Ilse Schindlegger, Alexander Zwinz, Leo Stöss.

4. Reihe v.l.n.r.:  Rudolf-Peter Stieböck, Klaus-Dieter Pirner, Ullrich Hennemann, Günter Lipold, Dieter Jaquemar, Walter Bolena, Micha Pahr, Tizian Grundböck, Stefan Brenner, Felicitas Reschop.

Nicht im Bild:  Walter Beste, Harald Egger, Katharina Ertl, Hendrika Hantsch, Marcus Hufnagl, Erich Jaquemar, Petra Kamper, Jacqueline Köfler, Peter Krömer, Adele Seidl-Mrass, Gundi Spinka, Roswitha Unger, Beate Zelenka, Melanie Zelenka.

Das Presbyterium der Evangelischen Pfarrgemeinde A.u.H.B. St. Pölten besteht derzeit aus 12 gewählten Mitgliedern und Pfr. Zezula.